Как всегда при поломках техники начинать надо с самых банальных причин, чем мы часто пренебрегаем.
Дурковала ось Z из за обрыва одного из четырех проводов. Хитро так оборвался - прозванивается, но при измерении сопротивления если пошевелить то показания начинают прыгать.
Заменил полностью весь кабель, поставил новый контроллер, но ось Z работать не начала
Это уже новая напасть -невнимательность.
На оси Z у меня стоит шаговик 42BYGH48H-A-18D/150 с 6-ти пиновым разъемом JST2.0, а на остальных шаговиках (42BYGH48H-A-18D) с 4-х пиновыми.
У 4-х пиновых разъемов провода расположены: красный, синий - одна обмотка, они справа, а зеленый, черный - вторая обмотка, они слева.
Так на разъеме к шаговику и на разъеме к контроллеру. Все просто и логично - если перепутал левые пары с правыми, то проблем нет с инвертированием оси.
Я также расположил новые провода и в 6-ти пиновом разъеме шаговика оси Z, естественно с пропуском 2-го и 5-го пина, как и было.
Ось не заработала и я уже подумал, что шаговик накрылся, но потом присмотрелся к старому кабелю и обнаружил, что в разъеме шаговика почему-то китайцы изменили логику.
Крайние пины (1-й и 6-й) остались - красный и черный, а вот средние пины вставлены крест накрест: 3-й пин - зеленый, а 4-й - синий. Очень странная логика.
Поменял местами средние пины и все заработало.