Обе проблемы решились достаточно легко.
1. Зеркалка- проблема оказалась аппаратная. Когда разбирал-собирал поотрывалась часть проводов шаговика, пришлось подпаивать. В результате воткнул штекер шаговика оси Y не в основной двигатель, а в разъем дублирующего. Соответственно, зеркалил по оси Y.
2. Огонь лазера и прошивка Бенбокс. Установил прошивку с нормальными движками, в программе Бенбокс во вкладке Лазер сменил значение с 12 на 11. делается это для того, чтобы сигнал о включении лазера брался не с 12 ножки а с 11, которая управляется программно. Собственно, проблема решена. GBRL выжигает намного качественнее, но и намного дольше- картинка размером с фото с полутонами заняла сутки- это жесть. С бенбоксом быстрее и проще, пусть он и работает нормально только с бинарными изображениями.