Я применяю следующий метод: после получения G-кодов для сверления из DipTrace, уже протравленную плату с пятачками, которую нужно досверлить, просто ориентирую на столе по осям без перекосов. Затем, используя программу-визуализатор G-кода "NC-corrector" и основную управляющую программу станка (у меня GRBL-control), нахожу любую удобную точку на плате, приближая к ней сверло максимально близко и точно, обнуляю координаты на управляющей программе. Одновременно в программе NC-corrеctor пошагово нахожу эту точку на плате (или просто "тыкаю" мышкой по этой точке) и на экране визуализатора вижу её координаты. Эти координаты, управляя положением шпинделя вручную (т.е. кнопками) выставляю с минусовым (инвертировано) значением. Шпиндель уходит в условную нулевую позицию. Обнуляю координаты на управляющей программе. При необходимости, прогоняя шпиндель по осям, контролируем параллельность осям и механически корректируем положение платы. Если это сверление, то я ставлю, как опорную точку, конец сверла в центр нужного пятачка, но координаты этого центра на NC-correctore не видно, нужно их вычислить (зная диаметр пятачка) и учесть при дальнейших вычислениях. Если ваша печатка при травлении или фрезеровании имеет опорные точки, ситуация намного упрощается. NC-corrector удобен для предварительного просмотра и корректировки кода, имеет встроенный редактор для "тотальной" замены какой-то константы во всём тексте программы.