cpu_map.h - с 92 строки:
// Define probe switch input pin.
#define PROBE_DDR DDRC
#define PROBE_PIN PINC
#define PROBE_PORT PORTC
#define PROBE_BIT 5 // Uno Analog Pin 5
#define PROBE_MASK (1<<PROBE_BIT)
Соответственно вместо 5 вписываем 3.
А вот здесь, со 101 строки:
// Define flood and mist coolant enable output pins.
#define COOLANT_FLOOD_DDR DDRC
#define COOLANT_FLOOD_PORT PORTC
#define COOLANT_FLOOD_BIT 3 // Uno Analog Pin 3
Вместо 3 вписываем 5.
Включение по команде M8.
И проверьте плату на наличие подтягивающего резистора, может мешать измерениям.