Не тут все ровно, настройка как и была
Продолжаем ничего не меняем кроме двух вещей
1. Открываем старую версию программы а именно 0.7.8.10b
2. Ввиду того прикола что описывал выше ставим зазор между внешними контурами плат не 1,5мм как был а увеличиваем его до 2,0мм и все работает и перемычки ставятся и прочее и не матюкается на пустом месте.
Получается что что то все таки в новой версии не учтено, и получается что программа все таки не понимает такой операции когда надо сделать пропил между двумя параллельными линиями (панелизация) когда ширина между ними равна диаметру фрезы и используется перемычка.