Вряд ли проблема в чем то другом, очень похоже на люфт гайки оси У , если вы сфоткали плату так, как она у вас на столе лежит. Сами посмотрите, все отверстия (верхняя часть ) одинаково овальные, это возможно если гайка в этом месте недокручивает из за слабости пружины или дефекта на винте, в другом месте этого эффекта может и не быть, если бы движок шаги пропускал или муфта разкрутилась то было бы заметное смещение , вторая причина может быть: это оттягивание валов оси X ( то есть под действием силы при резке) нижний вал начинает прогибаться ) попробуйте тот же рисунок сделать за 2прохода а не за один (вы углубляет фрезу на 0,8мм (если я правильно картинки понял) то попробуйте задать проход на 0,5 и 0,3 к примеру посмотрите как получаться ваши овалы.