что то я не понял 2 момента, у вас стол в геркон упирается? Если да то переделывайте, дело в том что стол имеет определенную массу, которой нужно время на остановку, поэтому дойдя до концевика и нажав его, стол отьезжает на 1-2мм и очень медленно подьезжает до повторного срабатывания концевика, если у вас стол будет втыкаться в геркон на скорости, то геркон будет посточнно смещаться, на устанавливаемых нами концевиках, есть подпружиненная пластина, которая и играет роль демпфера.
Ладно перейдем ко второму вопросу: зачем вам концевики только на осях Х и У, только чтобы ограничить ход стола и каретки Х? При нажатии кнопки Home первую операцию по нахождению нулевого положения отрабатывает ось Z, и только потом Х и Y , не поставив концевика на ось Z в домашнее положение нельзя отправлять каретки, можно ограничется 3мя концевиками, по одному на каждую ось, но на всех трех осях должно быть минимум по одному концевику.