Судя по картинкам, и учитывая переделку оси X на линейные направляющие, то вариант с широким столом мне кажется более выгодным с точки зрения полезной обрабатываемой площади, дело в том что при длинной оси Y вы получите либо большие свесы стола (в крайних положениях) либо придется сильно расставлять каретки по оси Y, что приведет к сокращению хода стола, во втором же случае, стол сам по себе не не имеет по оси Y большого размера, а значит и каретки можно разместить значительно ближе друг к другу, свес стола уменьшится в крайних положениях на оси