Если получиться переопределить драйверы в исходниках отпишитесь пожалуйста и расскажите как это сделать. А параллелить step/dir ничего хорошего не даст уже проверено на cnc shield 3.0.
 
Все настройки можно сделать в файле cpu_map.h
Вот так это выглядит
// Define step pulse output pins. NOTE: All step bit pins must be on the same port.
#define STEP_DDR        DDRD
#define STEP_PORT       PORTD
#define X_STEP_BIT      2  // Uno Digital Pin 2
#define Y_STEP_BIT      3  // Uno Digital Pin 3
#define Z_STEP_BIT      4  // Uno Digital Pin 4
#define STEP_MASK       

1<<X_STEP_BIT)|(1<<Y_STEP_BIT)|(1<<Z_STEP_BIT

 // All step bits
// Define step direction output pins. NOTE: All direction pins must be on the same port.
#define DIRECTION_DDR     DDRD
#define DIRECTION_PORT    PORTD
#define X_DIRECTION_BIT   5  // Uno Digital Pin 5
#define Y_DIRECTION_BIT   6  // Uno Digital Pin 6
#define Z_DIRECTION_BIT   7  // Uno Digital Pin 7
#define DIRECTION_MASK    

1<<X_DIRECTION_BIT)|(1<<Y_DIRECTION_BIT)|(1<<Z_DIRECTION_BIT

 // All direction bits
// Define stepper driver enable/disable output pin.
#define STEPPERS_DISABLE_DDR    DDRB
#define STEPPERS_DISABLE_PORT   PORTB
#define STEPPERS_DISABLE_BIT    0  // Uno Digital Pin 8
#define STEPPERS_DISABLE_MASK   (1<<STEPPERS_DISABLE_BIT)