Я дилетант, извините что влезаю.
Вам нужно отпустить болты боковин портала с обеих сторон (обведены чёрным прямоугольником на первой иллюстрации ниже) и повернуть портал в нужную сторону.
Специально для этого отверстия в боковинах, сквозь которые проходят болты, выполняются более свободно чем требуется.
К сожалению при этом может уехать перпендикулярность Z относительно Y сразу в двух плоскостях, т. е. перпендикулярность Z и стола.
Учитывая тяжесть вашего случая, сгодится и регулировка на ощупь, но для регулировки по хорошему вам необходимо:
1. Приобрести / раздобыть:
- Cоточный индикатор, обычный, не рычажного типа, и регулируемую штангу для его крепления с какой-нибудь струбциной. На Avito индикаторы стоят ~1000 руб. Штанги на Ozon от 300 руб., правда у большинства магнитные крепления.
- Ровный, гладкий без забоев отрезок экструдированного алюминиевого профиля, например, уголок 20х40, или станочный профиль 20х20. Далее буду называть его "линейкой". В идеале — поверочная линейка, но достать её намного тяжелее.
- Как можно более точный слесарный уголок 90 градусов. В идеале — поверочный угольник. Столярный не подойдёт, т. к. по нему не обкатаешься.
- Киянку, или массивный кусок пластика.
2. Установить линейку на столе станка перпендикулярно оси Y. Для этого нужно закрепить на боковине портала штангу с индикатором, приложить к линейке угольник и обкататься индикатором вдоль угольника, регулируя разворот линейки так, чтобы стрелка индикатора перестала отклоняться. Это означает что между линейкой и осью Y получен угол 90 гр. Для наглядности начиркал в пайнте, см. иллюстрацию 2.
Ещё проще — сначала обкатать и зафиксировать на столе угольник, затем прислонить к нему линейку и закрепить её.
3. Закрепить штангу с индикатором на каретке оси X. Отпустить болты боковин портала, затем затянуть их в достаточной мере, чтобы они удерживали вес портала, но не более.
Далее, перемещая каретку оси X вдоль X обкататься индикатором по линейке, разворачивая портал на ослабленных соединениях. Для этого удобно слегка поджать болты и легонько постукивать по боковинам киянкой. Можно настроить поджим и силу постукиваний так, чтобы за один удар портал разворачивался на десятую долю градуса, не более.
Таким образом выставить ось X параллельно линейке, а значит перпендикулярно Y. Притянуть болты портала, но не полностью, потому что может уехать перпендикулярность Z.
4. Проверить перпендикулярность Z плоскости стола, закрепив индикатор в шпиндель, как показано на иллюстрации 3 и обкатав его по столу. Стрелка не должна отклоняться.
По хорошему настроить таким образом весь станок, сначала выставив перпендикулярность Z и X, затем всё остальное.
Это при условии что оба рельса Y лежат в одной плоскости и параллельны.

Ну и X и Z, конечно.