Вот не поверите, с 50ткой никаких проблем не возникает при клиренсе в 47мм совсем, если правильно подойти к созданию управляющей программы, первая операция это выравнивание заготовки, чем вы ее выравнивать будете это второй вопрос, (фуганок, электрорубанок, рейсмус, фреза и т.д.) для получения ровной поверхности, снимите никак не меньше 3х мм со стороны, ну не бывает у нас ровной доски 50 тки, а все строганные уже 40мм идут.(это стандартные размеры) обусловленные качеством распиловки бревна на доски. Далее при фрезеровки можно выбрать направление движения в сторону осей ХZ тем самым снимая материал до того как в каретку что то упереться сможет, и выставление минимально доступной безопасной высоты, и ваша доска спокойно проходит.